崇祯六年九月长江进入枯水期后，长江的河堤工程也开始施工了。支持这项工程的资金目前到账的有150万两，河道慈善会的100万两已经全部到账，朝廷答应的200万两仅到账50万两，其余的还在扯皮之中。
这里说的到账，就是到了工程处在曙光银行的账号上，可以使用的银两。
为了促使官员廉政，不要贪污，朱大典授意章世照的工程处采用黄河工程的同样方法，给南京工部中参与工程的相关官员安排工程处的职务，目的是开一份丰厚的薪水，高薪养廉。
经过一个多月的扯皮，朝廷终于让南京拿出50万两白银的工程款，朝廷又支付了50万两，这就又凑出了100万两白银。但是这100万两暂时存在了南京户部的府库中，说是需要时立即拨付给长江工程处。总之动了真金白银就不会痛快，时时的设置障碍已经成为官场的习惯或者叫做潜规则。按照惯例，这笔银两要实际的调拨到工程处，那是要拿出好处的，没有令官员们满意的数字，休想动用这笔资金。
但是长江工程处同样腰杆很粗，挺得笔直，就是坐在那里等银子，连上门讨要次数都是有限，那里会送好处给这些贪官？按工程处的规矩：我已经通知你们调拨银两了，到时候资金不到位，耽误了工程你们就要担负责任！
随着工程的进展，工程款开始紧迫，长江工程处于十月十二日下达了正式的催款通知官文，分别送达到南京工部和户部，为此，工部尚书王道直和户部尚书郑三俊也特意聚在一起交涉此事，王道直也是拿着工程补贴的官员，自然是义正言辞要求立即拨款。户部尚书郑三俊与工程不沾边，没有补贴，就在那里大打太极，理由说了一大筐，就是一个字——拖。
朱大典预感到要出问题，立即指令做了三件事：头一件是中华日报开始披露朝廷拖欠工程款的情况，导致长江江堤施工出现问题。随后又派记者采访有关衙门，澄清各种事实。目的就是给南京户部施加压力，促使其尽快拨款。另外一方面，与河道慈善会磋商，能不能紧急增加资金投入，避免工程受到损失。最后就是督促工程财务监管进行一次彻底的财物检查，搞清账目，有问题的立即整顿，没问题也要澄清责任，这是防患于未然的手段。不然真的问题闹大了，再查出工程处的问题，那么局面就混乱了，有失控的危险。
朱大典处理事情还是比较稳妥、老到的。
中华日报的文章在南京城里起到了作用，街头巷尾议论纷纷，达官贵人也参与其中。原因是，南京就在长江边上，江堤工程就关系着他们自己的生命财产安全，他们不能不关心，毕竟年初已经决口一次了，并且决口的位置距离这里并不远，就在扬州，那决口的惨状还历历在目。另一个原因，这里是陪都，在历朝历代里，都城的人们对于政治的热心程度要远高于其他地方，麻木不仁者少之又少。近在眼前的舆论压力使南京朝廷不得不认真起来，用负责的态度对待此事。
事情怕较真，真的较真起来还真的就出了问题。南京的官员，包括工部尚书王道直在内，都以为那100万两白花花的银子就在户部的库房之中。哪成想，到那里一查才知道，这一笔银子满打满算才二十五万两！银子到那里去了？
户部尚书郑三俊倒是知道一点实情，他知道应该南京户部拿出的那五十万两白银只是写在账上，并没有真的拿出来！难道是南京户部没钱吗？既然没有银子，就不要充好汉，不要应允出五十万两的事情嘛？
不是的，不是没有钱，银子是有的，只不过都在账面上，还需要一一的筹措、兑现出来，其中很大的一笔就是官员借款，哪个官员不在户部借银子花，借的时候，都是信誓旦旦，某月某日一定奉还，可是又有几个是按时还钱的。
这工程如果依照惯例，还真的不一定需要动用这一笔银子，官员的办法多得很，第一就是搜刮民财，找个由头就能刮地三尺，这么大的工程本身就是理由，第二就是东挪西借，朝廷花钱历来如此。谁能想到这个长江工程处要钱要得这么急，并且没有事先的铺垫。正常的情况应该是三天五天的上门来，说好话、拿贿赂、请吃饭、吃花酒，然后才是商量着要钱，迁延时日，来钱的办法就有了。现在倒好，一封官文，人还没见到，就要调拨银两！那银子又不是大风刮来的，说有就有啊？
即便知道这个情况的郑三俊也是大吃一惊，京城调来的50万两银子那可是实打实的放在库房里，怎么现在就剩下一半，二十五万两了？
事情闹大了，众多官员纷纷指责、弹劾户部的官员，于是又有大学士、刑部的相关官员介入进来，认真的查证。
世上没有不透风的墙，前边有中华日报的报道，众多官员、士绅、百姓的眼睛都盯着这件事，有点风吹草动的就传得南京城里沸沸扬扬。中华日报的记者也是削尖了脑袋往里钻，这么爆炸性的消息当然就被抓住了，于是消息就登上了中华日报。
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